在播種或扦插前消毒苗圃土壤，可消滅病菌，確保苗木安全。常用且效果較好的方法有以下六種： 

    五氯硝基苯消毒每平方米苗圃地用75％五氯硝基苯4克、代森鋅5克，混合后，再與12公斤細土拌勻。播種時下墊上蓋，防治炭疽病、立枯病、猝倒病、菌核病等有特效。  

    福爾馬林消毒每平方米苗圃用福爾馬林50毫升加水10公斤均勻地噴灑在地表，然后用草袋或塑料薄膜覆蓋，悶10天左右揭掉覆蓋物，使氣體揮發，兩天后可播種或扦插。防治立枯病、褐斑病、角斑病、炭疽病效果良好。  

    波爾多液消毒每平方米苗圃地用等量式（硫酸銅：石灰：水的比例為1:1:100）波爾多液2.5公斤，加賽力散10克噴灑土壤，待土壤稍干即可播種扦插。對防治黑斑病、斑點病、灰霉病、銹病、褐斑病、炭疽病效果明顯。 

    多菌靈消毒多菌靈能防治多種真菌病害，對子囊菌和半知菌引起的病害防治效果好。土壤消毒用50％可濕性粉劑，每平方米拌1.5克，可防治根腐病、莖腐病、葉枯病、灰斑病等。也可按1:20的比例配制成毒土撒在苗床上，能有效防治苗期病害。 

    硫酸亞鐵消毒用３％溶液處理土壤，每平方米用藥液0.5公斤，可防治針葉花木的苗枯病，桃、梅縮葉病，兼治花卉缺鐵引起的病。 

    代森銨消毒代森銨殺菌力強，能滲入植物體內，在植物體內分解后還有一定肥效。用50％水溶代森銨350倍液，每平方米苗圃土壤澆灌3公斤稀釋液，可防治花卉的黑斑病、霜霉病、白粉病、立枯病和球根類種球的多種病害。